Construir un sistema de innovación ecológico-agricultural (EAIS) y explorar sus patrones de evolución son formas efectivas de superar el actual cuello de botella en el desarrollo agrícola mundial, que también es un área importante de preocupación para los académicos de la geografía económica. Basado en teorías del sistema de innovación y del sistema de innovación agrícola (AIS) y en la literatura de investigación relevante, este estudio construyó un marco analítico para la evolución del EAIS y analiza las características y mecanismos de la evolución del EAIS en tres niveles. Con la ayuda de datos de investigación en profundidad sobre la agricultura ecológica de la isla ecológica de Chongming, este estudio analizó la composición estructural, los caminos evolutivos y los mecanismos del sistema de innovación ecológico-agricultural (EAIS) de Chongming. Los principales hallazgos son que la estructura evolutiva del EAIS se puede dividir en tres niveles. A nivel micro, los productores y operadores ecológico-agriculturales se escinden continuamente junto con la expansión de la escala industrial bajo el papel de la orientación del mercado, la promoción tecnológica y la gestión regulatoria. A nivel meso, todos los actores buscan activamente asociaciones especializadas para obtener recursos de innovación, formando una red de innovación. A nivel macro, los actores regulatorios ecológico-agriculturales incorporan a todos los actores en el sistema regulatorio ecológico para que el camino evolutivo del EAIS pueda ser regulado para una producción más limpia. El EAIS es la evolución de los sistemas de innovación en sinergia entre los tres niveles de "actor" + "red" + "institución".