Los peces conejo (Siganidae) son peces de arrecife de coral que se distribuyen en diversos hábitats que incluyen estuarios, manglares, arrecifes e incluso alfombras de algas marinas. Dada su diversidad ecológica y su amplia distribución natural en la región del Indo-Pacífico, nos interesó investigar la historia evolutiva de este grupo y los patrones de divergencia que han contribuido a sus distribuciones actuales. En el presente estudio, se recolectaron muestras del Mar de China Meridional para estudiar las relaciones taxonómicas y filogenéticas, así como los tiempos de divergencia. Investigamos las relaciones taxonómicas entre las especies modernas de pez conejo, reconstruimos su filogenia molecular y estimamos los tiempos de divergencia entre linajes seleccionados basándonos en un fragmento del ADNmt citocromo oxidasa I (COI) y secuencias del retrogén de rodopsina nuclear (RHO). Nuestros resultados indican que los peces conejo modernos probablemente se originaron en el Indo-Oeste del Pacífico durante el Eoceno tardío [hace 37.4 millones de años (mya)], tras lo cual se diversificaron en tres clados principales durante el Plioceno/Pleistoceno. La posterior diversificación y los orígenes de la mayoría de los sigánidos pueden estar asociados con episodios de eventos paleo-oceanográficos, incluidos eventos de invernadero y de glaciación (Eoceno-Mioceno), así como eventos tectónicos de placas importantes (Plioceno-Pleistoceno). Algunas especies modernas de sigánidos pueden hibridarse naturalmente con especies congéneres donde sus rangos geográficos se superponen. Un análisis taxonómico integral reveló que la filogenia de Siganidae (cladogénesis de los Clados I, II y III) se caracteriza por divergencia en varios caracteres morfológicos externos y parámetros morfométricos. Nuestro estudio demuestra que las características morfológicas, la heterogeneidad geográfica y el cambio ambiental han contribuido a la diversificación histórica de los sigánidos.