Para comprender mejor la diversidad y evolución de los cíclidos, secuenciamos, ensamblamos y anotamos los genomas mitocondriales completos de tres especies de tilapia del Nilo que dominan las aguas del río Nilo. Nuestros resultados mostraron que las características mitogenómicas generales se conservaron entre las especies de tilapia del Nilo. La longitud del genoma varió de 16,436 a 16,631 pb y se identificaron un total de 37 genes (dos genes de ARN ribosómico (rRNAs), 22 genes de ARN de transferencia (tRNAs), 13 genes que codifican proteínas (PCGs) y 1 región de control). El ND6 fue el único CDS que presentó un sesgo AT negativo y un sesgo GC positivo. Las secuencias de repetición más extensas se encontraron en el D-loop, seguidas por los pseudogenes (trnS). El ND5 mostró tasas de sustitución relativamente altas, mientras que ATP8 tuvo la tasa de sustitución más baja. El sesgo en el uso de codones mostró una mayor cantidad de NNA y NNC en la tercera posición y un anti-bias contra NNG. La relación filogenética basada en los mitogenomas completos y CDS pudo diferenciar las tres especies como se informó anteriormente. Este estudio proporciona una nueva perspectiva sobre las conexiones evolutivas entre varias subfamilias dentro de los cíclidos, al tiempo que ofrece nuevos datos moleculares que pueden aplicarse para discriminar entre las especies de tilapia del Nilo y sus poblaciones.