Para investigar la trayectoria evolutiva durante la reciente especiación de las especies del genoma AA, realizamos un análisis exhaustivo de la familia de genes en ocho especies. Identificamos un total de 1093 genes y examinamos sistemáticamente su historia evolutiva, la expansión de la familia de genes y la divergencia de expresión. Nuestros resultados revelaron que ocurrieron expansiones extensas específicas de linaje en las especies del genoma AA, que fueron generadas principalmente por duplicaciones proximales y en tándem, con un episodio particularmente notable en los genes de Tipo-I. A pesar de la expansión significativa, los genes de Tipo-I generalmente se expresaron a niveles bajos o no se expresaron en varios órganos. En contraste, la expansión de los genes de Tipo-II se observó principalmente en las subfamilias AG, AGL12, SOC1, GGM13 y MIKC*, que exhibieron altos niveles de expresión en órganos reproductivos como panículas y estigmas. Además, encontramos expresión génica específica de especie en las dos especies de arroz silvestre de polinización cruzada. Notablemente, un gen único mostró altos niveles de expresión en rizomas y tallos, lo que puede estar asociado con el hábito de crecimiento rizomatoso distintivo de la especie.