Nuestro estudio investiga la dinámica genética y evolutiva del virus del síndrome de manchas blancas (WSSV), un patógeno importante que afecta la acuicultura global de camarones. Analizamos 28 secuencias completas del genoma de WSSV de bases de datos públicas para explorar la variabilidad genética, los eventos de recombinación y los patrones evolutivos. Identificamos múltiples deleciones genómicas, repeticiones en tándem de número variable (VNTR) y nuevos polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) que contribuyen a la adaptación viral. Se detectó un evento de recombinación significativo entre cepas de agua dulce y marinas, lo que destaca las complejas vías de transmisión. Nuestro análisis filogenético sugiere que el WSSV se originó en el sudeste asiático y se propagó globalmente a través de factores tanto naturales como antropogénicos, basado en un grupo externo. Notablemente, las inserciones de transposones sirvieron como base para la reducción del genoma viral, proporcionando nuevas perspectivas sobre la divergencia del WSSV. Nuestros hallazgos enfatizan la importancia de la caracterización molecular avanzada y los modelos evolutivos para comprender los patógenos virales en entornos de acuicultura.