Los reptiles no aviares comprenden una gran proporción de la diversidad de vertebrados amniotas, con los reptiles escamosos -lagartos y serpientes- que recientemente han superado a las aves como la radiación de tetrápodos más rica en especies. A pesar de mostrar una extraordinaria diversidad de rasgos fenotípicos y genómicos, los recursos genómicos en reptiles no aviares se han acumulado más lentamente que en mamíferos y aves, los amniotas restantes. Aquí revisamos la notable historia natural de los reptiles no aviares, con un enfoque en los rasgos físicos, características genómicas y patrones de composición de secuencias que comprenden ejes clave de variación entre los amniotas. Argumentamos que la alta diversidad evolutiva de los reptiles no aviares puede impulsar una nueva generación de análisis filogenómicos de genoma completo. Una encuesta de investigaciones filogenéticas en reptiles no aviares muestra que los enfoques basados en captura de secuencias son los más comúnmente utilizados, con estudios de marcadores conocidos como elementos ultraconservados (UCEs) especialmente bien representados. Sin embargo, existen muchos otros tipos de marcadores y se están extrayendo cada vez más de ensamblajes genómicos in silico, incluidos algunos con mayor potencial de información que los UCEs para ciertas investigaciones. Discutimos la importancia de recursos genómicos de alta calidad y métodos para extraer bioinformáticamente una variedad de conjuntos de marcadores de ensamblajes genómicos. Finalmente, alentamos a los herpetólogos que trabajan en genómica, genética, biología evolutiva y otros campos a trabajar colectivamente para construir recursos genómicos para reptiles no aviares, especialmente escamosos, que rivalicen con los ya existentes para mamíferos y aves. En general, el desarrollo de este árbol de la vida filogenómico cruzado de amniotas contribuirá a iluminar dimensiones interesantes de la biodiversidad entre los reptiles no aviares y los amniotas más amplios.