El virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV) puede causar diarrea severa o muerte en algunos lechones. La recombinación genética y la mutación facilitan la evolución continua del virus (PEDV), lo que representa un gran desafío para la prevención y el control de la diarrea epidémica porcina (PED). Se recolectaron y examinaron materiales de enfermedad de lechones con fallos de vacunación contra el PEDV en algunas áreas de las provincias de Shanxi, Henan y Hebei en China para entender la prevalencia y las características evolutivas del PEDV en estas áreas. Cuarenta y siete materiales de enfermedad sospechosos de diferentes camadas en diferentes granjas fueron analizados mediante PCR multiplex y examinados por tinción de hematoxilina-eosina e inmunohistoquímica. El PEDV mostró una tasa de positividad del 42.6%, infectando los tejidos del intestino delgado y grueso y los ganglios linfáticos mesentéricos. Las cepas aisladas infectaron células multihospedadoras Vero, PK-15 y Marc-145 y exhibieron bajos títulos virales en los tres tipos de células, como lo indican sus curvas de cinética de crecimiento. Se identificaron posibles eventos de recombinación en los aislados mediante el software RDP4.0. El análisis de secuenciación y filogenético mostró que, en comparación con la cepa de vacuna clásica, el PEDV SX6 contiene nuevas inserciones y mutaciones en la región S y pertenece al genotipo GIIa. Mientras tanto, el ORF3 tiene la secuencia completa de aminoácidos con la mutación aa80 en cepas silvestres, en comparación con las cepas de vacuna CV777, AJ1102, AJ1102-R y LW/L. Estos resultados contribuirán al desarrollo de nuevas vacunas contra el PEDV basadas en cepas silvestres prevalentes para la prevención y el control del PED en China.