Las especies de Schizothoracinae son el grupo más grande de Cypriniformes que se adapta fácilmente a las condiciones naturales de la meseta Qinghai-Tíbet. Este grupo tiene características de hábitat y patrones de distribución centrados en la meseta Qinghai-Tíbet. Para estudiar la evolución de tres especies de Schizothoracinae en el noroeste de China, se exploraron las características evolutivas de estas especies basándose en las diferencias en la morfología de los otolitos y la morfología esquelética. Desde 2020 hasta 2022, se recolectaron 138 muestras (63, 35 y 40) del río Tarim y del río Ili, se midieron 6 parámetros morfológicos básicos de los otolitos y se convirtieron en 6 factores morfológicos y 7 índices morfológicos. Se seleccionaron un total de 77 coeficientes de transformada de Fourier de cada otolito. Los primeros tres componentes principales explicaron el 92.834% de la variación total en 13 índices morfológicos de otolitos de las tres especies de Schizothoracinae, y la tasa de discriminación general fue del 94.20%. Según el análisis de componentes principales de 77 valores armónicos de Fourier de los otolitos, los primeros 20 componentes principales explicaron el 97.233% de la variación total, y la tasa de discriminación general fue del 100%. Los resultados del análisis de conglomerados reflejaron directamente las relaciones entre especies relacionadas. Las diferencias en la morfología ósea de las tres especies de Schizothoracinae se reflejaron particularmente en el número de barbas, dientes faringeos y vértebras, y también hubo diferencias significativas en las formas de los huesos esfenóticos (SP), pteróticos (PTE), preopérculo (PO), rayo branquial (BRA) y basibranquial (BB). Sus características morfológicas y esqueléticas únicas están estrechamente relacionadas con los cambios geológicos y las tendencias evolutivas del sistema hídrico. Este estudio contribuye a la comprensión de la identificación de especies y el estado evolutivo de los peces de meseta, proporciona una referencia para una clasificación evolutiva más profunda y para evaluar los mecanismos evolutivos de los peces de meseta, y ofrece una base científica para la filogenia y la protección de recursos genéticos.