El reconocimiento alógeno, la capacidad de distinguir entre el yo o los parientes y los conspecíficos no relacionados, desempeña varios roles biológicos importantes en los animales invertebrados. Dos de estos roles incluyen la negociación del espacio bentónico limitado para los invertebrados coloniales y la evitación de la endogamia a través de sistemas de auto-incompatibilidad. El subfilo Tunicata (filo Chordata), el grupo hermano de los vertebrados, es un grupo prometedor para estudiar el reconocimiento alógeno. La colonialidad ha evolucionado muchas veces de manera independiente en los tunicados, y los sistemas de auto-incompatibilidad invertebrados más conocidos se encuentran en los tunicados. Estudios filogenómicos recientes se han consolidado en torno a una filogenia de los Tunicata, así como del Orden Stolidobranchia dentro de los Tunicata, proporcionando un camino a seguir para el estudio del reconocimiento alógeno en este grupo.