A pesar de una alta diversidad de especies, las rayas (Rajiformes) exhiben una morfología y ecología notablemente conservadoras. Se producen variaciones limitadas de rasgos dentro y entre especies, y se han reportado especies crípticas entre taxones hermanos y no hermanos, lo que sugiere que los complejos de especies pueden estar sujetos a selección estabilizadora. Actualmente se reconocen tres especies hermanas en el complejo: (i) que ocurren a lo largo de las costas de Portugal y el Mediterráneo, (ii) en el Atlántico Central-Este frente a África Occidental y (iii) en el Océano Índico Occidental frente a Sudáfrica. En el presente estudio, se estimó la variación genética en marcadores mitocondriales y nucleares en el complejo de especies analizando 323 individuos muestreados en la mayor parte de su área de distribución geográfica para probar la hipótesis de que el flujo genético restringido y la divergencia genética dentro de las especies reflejan discontinuidades climáticas y bio-oceanográficas conocidas. Nuestros resultados apoyan estudios morfológicos previos y confirman los límites taxonómicos conocidos de las tres especies reconocidas. Además, identificamos múltiples clados débilmente diferenciados en el Océano Atlántico Noreste y el Mediterráneo, al menos dos taxones crípticos adicionales frente a Senegal y Angola, y una diferenciación pronunciada de clados antiguos sudafricanos. La estructura genética oculta presentada aquí puede representar un valioso apoyo a los planes de acción para la conservación de especies.