El hongo quitridio (Bd) es una amenaza importante para los anfibios, sin embargo, no hay informes de impactos significativos de la enfermedad en las ranas de Asia Oriental. La variación genética del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) se ha asociado con la resistencia a Bd en ranas de Asia Oriental y de todo el mundo. Utilizando datos transcriptómicos recopilados de 11 especies de ranas japonesas (un individuo por especie), aislamos secuencias de MHC clase I y IIb y validamos utilizando clonación molecular. Luego comparamos el MHC de las ranas japonesas y otras especies en todo el mundo, con diferentes susceptibilidades a Bd. El análisis de supertipos, que agrupa alelos de MHC en función de las propiedades fisicoquímicas de los sitios de unión de péptidos, identificó que todas las ranas de Asia Oriental examinadas contenían al menos un alelo MHC-IIb perteneciente al supertipo ST-1. Esto indica que, a pesar de los largos tiempos de divergencia entre algunas ranas japonesas (hasta 145 millones de años), propiedades funcionales particulares en los sitios de unión de péptidos de MHC-II se conservan entre las ranas de Asia Oriental. Además, un análisis preliminar utilizando NetMHCIIpan-4.0, que predice la capacidad de unión de péptidos de Bd, sugiere que MHC-IIb ST-1 y ST-2 tienen una mayor capacidad de unión de péptidos en general que otros supertipos, independientemente de si los péptidos provienen de Bd, otros hongos o bacterias. Nuestros hallazgos sugieren que MHC-IIb entre las ranas de Asia Oriental puede haber co-evolucionado bajo la misma presión selectiva. Dado que Bd se originó en esta región, puede ser un impulsor importante de la evolución del MHC en las ranas de Asia Oriental.