Estudios recientes sugieren que la fracción de dinucleótidos CG (CpG) está severamente reducida en el genoma del coronavirus de síndrome respiratorio agudo severo 2 (SARS-CoV-2). Se predijo que la deficiencia de CpG es la respuesta adaptativa del virus para evadir la degradación del ARN viral por la proteína antiviral de dedo de zinc que se une específicamente a los nucleótidos CpG. Al comparar todos los genomas representativos pertenecientes al género, este estudio examinó el posible momento de origen de la depleción de CpG. Los resultados de esta investigación revelaron una correlación altamente significativa entre las proporciones de nucleótidos CpG (contenido de CpG) de las especies de betacoronavirus y sus tiempos de divergencia de SARS-CoV-2. Las especies que están distanciadamente relacionadas con SARS-CoV-2 tenían contenidos de CpG mucho más altos que los de SARS-CoV-2. Por el contrario, las especies estrechamente relacionadas tenían contenidos de CpG bajos que son similares o ligeramente superiores a los de SARS-CoV-2. Estos resultados sugieren una reducción sistemática y continua en el contenido de CpG en la línea de SARS-CoV-2 que podría haber comenzado desde que el clado + se separó de , lo que se estima ocurrió hace 1213 años. No se encontró que esta depleción estuviera mediada por los contenidos de GC de los genomas. Nuestros resultados también mostraron que la depleción de CpG ocurrió en posiciones neutras del genoma así como en aquellas bajo selección. Esto último es evidente por la reducción progresiva en la proporción del aminoácido arginina (codificado por dinucleótidos CpG) en la línea de SARS-CoV-2 a lo largo del tiempo. Los resultados de este estudio sugieren que la eliminación de nucleótidos CpG de su genoma es un proceso continuo en esta línea viral, potencialmente para escapar de los mecanismos de defensa de su huésped.