El hongo Metarhizium anisopliae se utiliza a gran escala en Brasil como agente de control microbiano contra las cochinillas de la caña de azúcar, Mahanarva posticata y M. fimbriolata (Hemiptera, Cercopidae). Aplicamos la cepa E9 de M. anisopliae en un bioensayo en suelo, con dosis de campo de conidios, para determinar si puede causar infección, enfermedad y mortalidad en estadios inmaduros de Anastrepha fraterculus, la mosca sudamericana de la fruta. Todos los eventos se estudiaron histológicamente y a nivel molecular durante el ciclo de la enfermedad, utilizando una novedosa técnica histológica, la tinción verde claro, asociada a microscopía óptica, y por PCR, utilizando un cebador de ADN específico desarrollado para M. anisopliae, capaz de identificar cepas brasileñas como la E9. El ciclo completo de infección, que comienza con la adhesión de los conidios a la cutícula del hospedador, seguida de la germinación con o sin formación de apresorio, la penetración a través de la cutícula y la colonización, con el desarrollo de una fase dimórfica, cuerpos hifales en el hemocele y la muerte del hospedador, duró 96 horas en las condiciones del bioensayo, similar a lo que ocurre en condiciones de campo. Durante el ciclo de la enfermedad, los propágulos del hongo entomopatógeno se detectaron mediante la identificación del ADN con el cebador específico ITSMet: 5’ TCTGAATTTTTTATAAGTAT 3’ con ITS4 (5’ TCCTCCGCTTATTGATATGC 3’) como cebador inverso. Esta sencilla metodología permite estudios in situ del proceso infeccioso, lo que contribuye a la comprensión de la relación hospedador-patógeno y permite monitorizar la eficacia y la supervivencia de este hongo entomopatógeno en aplicaciones a gran escala en el campo. También facilita el seguimiento del impacto ambiental de M. anisopliae sobre insectos no objetivo.