Los modelos de distribución de especies (MDE) se han utilizado ampliamente para proyectar cómo responden las especies a los cambios climáticos futuros según lo pronosticado por los modelos climáticos globales (MCG). Si bien se han reconocido las incertidumbres en los MCG específicos de la meseta tibetana, es necesario explorar sus impactos en la modelización de la distribución de especies. Aquí, empleamos diez algoritmos para evaluar las incertidumbres de los MDE a través de cuatro MCG (ACCESS-CM2, CMCC-ESM2, MPI-ESM1-2-HR y UKESM1-0-LL) bajo dos trayectorias socioeconómicas compartidas (SSP2-4.5 y SSP5-8.5) en dos etapas temporales. Seleccionamos dos especies endémicas de la meseta tibetana, Gentiana yunnanensis y G. siphonantha, distribuidas en las regiones montañosas de Hengduan del sureste de la meseta y las regiones del noreste de la meseta, respectivamente, como estudios de caso. Bajo las dos SSP y dos períodos de tiempo, hay diferencias significativas en las áreas de distribución de G. yunnanensis predichas por diferentes MCG, con algunos mostrando aumentos y otros mostrando disminuciones. En contraste, las tendencias del rango de distribución de G. siphonantha predichas por diferentes MCG son consistentes, inicialmente aumentando y luego disminuyendo. El modelo CMCC-ESM2 predijo el mayor aumento en el rango de distribución de G. yunnanensis, mientras que el modelo UKESM1-0-LL predijo la mayor disminución en el rango de distribución de G. siphonantha. Nuestros hallazgos destacan que los cuatro MCG seleccionados aún conducen a algunas variaciones en el resultado final a pesar de la existencia de tendencias similares. Recomendamos emplear los valores promedio de los cuatro MCG seleccionados para simular la distribución potencial de especies bajo escenarios de cambio climático futuro para mitigar las incertidumbres entre los MCG.