La necesidad de encontrar un equilibrio entre la protección de los ecosistemas relacionados con el agua y el aumento del uso seguro del agua para la sociedad humana se reconoce en la Agenda 2030 de la Unión Europea. Evaluamos el estado ecológico de un sistema fluvial para mitigar los impactos humanos, considerando su importancia para suministrar agua potable a más de 4 millones de usuarios en Roma. Utilizamos un enfoque integrado, analizando comunidades de animales y plantas en las orillas del río y el lecho del río. Un análisis de macrobentos reveló una comunidad bien estructurada con una buena ecología en todas las estaciones de muestreo. El valor más alto se encontró inmediatamente aguas arriba y aguas abajo del sistema de recolección de manantiales, mientras que el valor de riqueza más bajo se registró donde el río recoge aguas residuales urbanas. Un inventario florístico mostró que los hemicriptófitos componen casi el 45% de todas las especies, y la prevalencia de los corotipos euroasiáticos (35%) y orofilos (34%). Se reveló una correlación positiva entre la vegetación del lecho del río y la calidad de la comunidad bentónica, mientras que la altura de los árboles parece tener una tendencia negativa. Nuestros datos sugieren que un tramo de río afectado por resurgencia y extracción de agua no destacó alteraciones irreversibles en el paisaje. De hecho, la composición de la vegetación y las comunidades animales correlacionadas reflejaron un gradiente clinal esperado para un sistema fluvial de los Apeninos. Nuestro estudio tiene el potencial de mejorar el enfoque utilizado para monitorear los impactos de los humanos en los ecosistemas de agua dulce, con el objetivo de preservar la integridad del paisaje relacionado con el agua.