La gestión de tierras agrícolas es un determinante importante de los flujos de carbono (C) terrestre y tiene implicaciones sustanciales para las estrategias de mitigación de gases de efecto invernadero (GEI). Este estudio evaluó el balance de carbono del ecosistema neto (NECB) de un campo agrícola en un sistema integrado de cultivos y ganadería orgánica (ICLS) con una rotación de pradera-arable en el norte de Alemania durante dos años (2021-2023). Los flujos de dióxido de carbono (CO) se midieron utilizando el método de covarianza de eddy (EC) para derivar el intercambio neto del ecosistema (NEE), la producción primaria bruta (GPP) y la respiración del ecosistema (RECO). Este enfoque facilitó una evaluación de la dinámica temporal del intercambio de CO, junto con un monitoreo detallado de las importaciones, exportaciones y actividades de gestión de C en una secuencia de cultivos que incluía pradera de hierba y trébol (GC), trigo de primavera (SW) y un cultivo de cobertura (CC). La pradera de GC actuó como un sumidero de C consistente (NECB: -1386 kg C ha), impulsada por una actividad fotosintética prolongada y una eliminación moderada de biomasa. En contraste, el SW, a pesar de tener un GPP alto, se convirtió en una fuente neta de C (NECB: 120 kg C ha) debido a la exportación sustancial a través de la cosecha. El CC contribuyó a la absorción de C durante el período invernal. Sin embargo, en conjunto, actuó como una fuente neta de CO, probablemente debido a las condiciones de sequía tras la labranza del suelo y la siembra del CC. Los eventos de labranza del suelo contribuyeron a pulsos de CO a corto plazo, cuya magnitud fue modulada por el contenido de agua en el suelo (SWC) y la temperatura del suelo (TS). En general, el sitio funcionó como un sumidero neto de C, con un NECB promedio de -702 kg C ha año. Esto subraya el potencial de mitigación climática de las prácticas de gestión como los sistemas de pradera de GC bajo pastoreo moderado, la labranza del suelo en primavera y la aplicación de fertilizantes orgánicos. Para optimizar los beneficios del CC, su uso debería combinarse con una reducción de la perturbación del suelo durante la siembra o el establecimiento como un sotobosque. Además, las exportaciones de C a través de las cosechas podrían compensarse reteniendo mayores cantidades de residuos de cosecha en el sitio.