Las Áreas Marinas Protegidas (AMP) son vitales para la conservación de la biodiversidad, sin embargo, su efectividad en la preservación de algas fundamentales sigue siendo poco estudiada. Este estudio investiga la diversidad y distribución de poblaciones de algas en una AMP ubicada en el mar Mediterráneo central, comparándolas con las de dos sitios no protegidos. Hipotetizamos que las poblaciones de la AMP mostrarían una mayor diversidad y estructura en comparación con los sitios no protegidos. Los resultados revelaron un total de 19 especies a profundidades de 0-20 m, siendo la AMP más diversa que los sitios no protegidos. Así, las AMP pueden desempeñar un papel crucial en el fomento de la diversidad de poblaciones. Sin embargo, no se observaron diferencias significativas entre las zonas de protección de la AMP, lo que plantea preguntas sobre la efectividad de la zonificación. Además, nuestra encuesta descubrió una presencia sustancial de algas no indígenas dentro de la AMP. En conclusión, aunque las AMP mejoraron la diversidad en comparación con los sitios no protegidos, la variada eficacia de la protección dentro de las zonas de la AMP sugiere la necesidad de estrategias de conservación específicas para cada sitio. La presencia de algas no indígenas enfatiza los desafíos continuos. Este estudio proporciona una línea base para entender la dinámica de poblaciones, crucial para futuros esfuerzos de monitoreo y conservación ante el cambio global.