Cinco repeticiones simples de secuencia (SSRs) se utilizaron para evaluar la relación entre las características de la inflorescencia y su variación alélica en 53 y sus parientes silvestres ( = 9). Se midieron rasgos morfométricos de la coliflor, como peso (CW), altura (CH), diámetro (CD1), forma (CS), ángulo de curvatura de la inflorescencia (CA) y diámetro de su tallo (CD2). El objetivo del trabajo fue analizar las relaciones entre los patrones alélicos de los cebadores SSR utilizados y su estado de homocigosis o heterocigosis registrados en cada locus, así como los rasgos morfométricos de la inflorescencia para identificar las regiones genómicas que estimulan la hipertrofia de este órgano reproductivo. Las relaciones encontradas explican la diversidad entre especies complejas ( = 9) para el tamaño y la estructura de la inflorescencia, permitiendo una reducción significativa del tiempo durante el proceso de cría al cruzar especies silvestres, transfiriendo resistencia útil y rasgos organolépticos y nutracéuticos. Los cinco loci SSR fueron BoABI1, BoAP1, BoPLD1, BoTHL1 y PBCGSSRBo39. Según la variación alélica constatada, evaluamos el índice de heterocigosis (H) para cada SSR antes mencionado. Los resultados mostraron una interacción significativa entre el índice H del gen BoPLD1 y las características de la inflorescencia, resumidas por el Primer Componente Principal (PC1) (valor = 0.0244); constatamos una correlación negativa entre el índice H y las características de la inflorescencia, a saber, CW, CH, CD1, CD2, CA. Las alelas homocigotas BoPLD1, indicadas por el índice H, afectan las características de la inflorescencia y los rendimientos de brócoli y coliflor.