Las inundaciones se están convirtiendo en una preocupación creciente para la producción de soja ( [L.] Merr.) en todo el mundo debido a la sensibilidad de la mayoría de los cultivares cultivados hoy en día al estrés por inundación. Las inundaciones pueden retrasar el crecimiento de las plantas y limitar el rendimiento, causando pérdidas económicas significativas. Un enfoque sostenible para mejorar el rendimiento bajo estrés por inundación es desarrollar cultivares de soja tolerantes a las inundaciones. Este estudio se realizó para evaluar genotipos de soja para la respuesta al estrés por inundación en tres etapas críticas de crecimiento de la producción: germinación, crecimiento vegetativo temprano (V1 y V4) y crecimiento reproductivo temprano (R1). Los resultados demostraron que el estrés impuesto por las inundaciones afectó significativamente el rendimiento de la soja para cada etapa de crecimiento estudiada. La tasa promedio de germinación en los diferentes tratamientos varió del 95% al 46%. A pesar de las bajas tasas de germinación después de los tratamientos de inundación prolongada, los genotipos tolerantes a las inundaciones mantuvieron una tasa de germinación de >80% después de 8 h de inundación. La tasa de germinación de los genotipos susceptibles fue significativamente más baja, variando del 58 al 63%. Imponer estrés por inundación en las etapas de crecimiento V1 y V4 también resultó en diferencias significativas entre los genotipos tolerantes y susceptibles. Los genotipos con el mayor nivel de tolerancia a las inundaciones superaron continuamente a los genotipos susceptibles con una disminución promedio del 30% en el daño foliar basado en la puntuación visual y un aumento del 10% en la biomasa. El rendimiento de los genotipos tolerantes también fue en promedio un 25% más alto en comparación con los genotipos susceptibles. Estos resultados sugieren que la cría de soja para la tolerancia a las inundaciones puede aumentar la resiliencia durante etapas de crecimiento crucial y aumentar el rendimiento en condiciones de inundación. Además, los genotipos desarrollados a partir de esta investigación pueden ser utilizados como material de cría para seguir mejorando la tolerancia a las inundaciones en la soja.