Las vías navegables hacia los puertos de Rostock (Estuario del Warnow), Alemania, y Szczecin (Laguna del Óder/Szczecin), Polonia, fueron recientemente profundizadas. Ambas actividades requirieron Evaluaciones de Impacto Ambiental. Realizamos evaluaciones de servicios ecosistémicos basadas en expertos y datos para ambos estudios de caso. Además, realizamos simulaciones de modelos ecosistémicos en 3D. Para la Laguna del Óder, los resultados del modelo muestran que la profundización de la vía navegable aumentó el entierro en sedimentos en 807 t N/a, 112 t P/a y 4661 T C/a. Sin embargo, en conjunto, los impactos de la profundización a un calado de 12.5 m en el ecosistema de la laguna son menores y no es necesaria una aplicación del modelo, pero los resultados mejoran la base de datos para las evaluaciones de servicios ecosistémicos. Nuestro enfoque basado en expertos para los servicios ecosistémicos es adaptable a las necesidades de la ingeniería costera y proyectos hidráulicos, y es fácil y rápido de aplicar y transferir. Los resultados de la evaluación destacan la relevancia de los servicios culturales y pueden complementar las EIA. Nuestro enfoque puede apoyar especialmente la etapa de alcance inicial de una EIA. Tiene el potencial de mejorar la cooperación y comunicación con y entre las partes interesadas, reducir conflictos y ahorrar tiempo. Además, podría mejorar la recopilación y atención de las preocupaciones de las partes interesadas, reduciendo potencialmente los costos asociados con estudios innecesarios.