Lam., comúnmente conocido como naranja de mono verde, es un árbol frutal indígena muy valorado en Sudáfrica con potencial para la domesticación y comercialización. Sin embargo, ningún estudio ha informado sobre la diversidad molecular de los morfotipos. Por lo tanto, este estudio tuvo como objetivo determinar la variación genética entre 32 morfotipos utilizando marcadores de repeticiones en secuencia simple (SSR). Catorce marcadores SSR amplificados produjeron 159 alelos, con una media de 5.68 por locus. Los valores de contenido de información polimórfica (PIC) variaron de 0.22 (Ssp_1) a 0.84 (Ssp_6). Los morfotipos se agruparon en un biplot basado en sus distancias genéticas. El dendrograma discriminó principalmente los morfotipos según la variación de la textura del pericarpio. La estructura de la población tuvo el valor delta más alto K = 3, por lo que los 32 morfotipos se dividieron en tres subpoblaciones según el enfoque bayesiano. Las afinidades producidas por la estructura de la población coincidieron con la distancia genética de morfotipos estrechamente relacionados. Este estudio es el primero en informar sobre el desarrollo de marcadores SSR y su uso exitoso para estudios de diversidad genética y estructura de población de . Proporciona información sobre la caracterización molecular de . Esto puede llevar a programas de mejoramiento y programas de mejora de cultivos, particularmente en programas de desarrollo varietal, que pueden contribuir a aliviar los desafíos de seguridad alimentaria.