Las Evaluaciones de Hábitat Físico (PHA) son útiles para caracterizar y monitorear las condiciones del hábitat en arroyos y ríos, pero pueden ser costosas y llevar mucho tiempo. Métodos alternativos para la recolección de datos están recibiendo atención, como los Vehículos Aéreos No Tripulados (UAV). El objetivo de este trabajo fue evaluar la precisión de las técnicas de teledetección basadas en UAV en relación con las mediciones de PHA en el terreno, y determinar la influencia de la altitud de vuelo en esas precisiones. Se voló un quadcopter UAV equipado con una cámara RGB a altitudes de 30.5 m, 61.0 m, 91.5 m y 122.0 m, y se compararon las métricas de ancho mojado (Ww), ancho de banco lleno (Wbf) y distancia al agua (Dw) con el PHA de campo. El método UAV-PHA generó valores similares a los valores observados de PHA, pero subestimó la distancia al agua y sobreestimó el ancho mojado. El ancho de banco lleno proporcionó el mayor RMSE (25-28%). No se observaron patrones de error sistemáticos considerando las diferentes altitudes de vuelo, y los resultados indicaron que todas las altitudes de vuelo investigadas pueden ser utilizadas de manera confiable para las mediciones de PHA. Sin embargo, el vuelo del UAV a 61 m proporcionó los resultados más precisos (CI = 0.05) considerando todas las métricas. Todos los parámetros del UAV en todas las altitudes mostraron una correlación significativa con los datos observados de PHA, validando el uso de la teledetección basada en UAV para PHA.