A nivel mundial, hasta la fecha, los estándares internacionales establecidos para el bienestar animal, una prioridad de la agricultura sostenible, se han centrado principalmente en los productores a gran escala. Sin embargo, en toda América Latina, incluyendo las Islas Galápagos de Ecuador, las pequeñas explotaciones juegan un papel crítico en la seguridad alimentaria. Evaluamos cinco medidas básicas de bienestar animal (acceso a alimento y agua, disponibilidad de refugio y sistemas de alojamiento, gestión de la salud animal, comportamiento animal y eutanasia oportuna) para aves de corral, cerdos y ganado en la Isla Floreana, Galápagos. Utilizando estándares de evaluación de múltiples fuentes de EE. UU. y estándares internacionales, desarrollamos un cuestionario y lo utilizamos para realizar entrevistas en profundidad durante el 4 y 5 de julio de 2022 con ocho productores participantes, que representan el 75% de la agricultura animal en Floreana. Si bien identificamos oportunidades para mejorar las competencias en la gestión de la salud animal y la eutanasia oportuna, las granjas obtuvieron buenos resultados en las otras medidas evaluadas. El trabajo futuro debería promover la transferencia de conocimientos y el desarrollo de capacidades en bioseguridad agrícola, acceso a atención veterinaria, vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos y métodos de eutanasia. Los esfuerzos para impactar positivamente los medios de vida de las pequeñas explotaciones en Galápagos, uno de los ecosistemas más biodiversos y protegidos del planeta, apoyarán de manera sostenible la salud humana a través de los ámbitos interconectados de la salud y el bienestar animal, la salud de la vida silvestre y del medio ambiente, y la seguridad alimentaria.