En el músculo esquelético, el complejo distrofina-glicoproteína forma un ensamblaje asociado a la membrana de abundancia relativamente baja, lo que hace que su caracterización proteómica detallada en tejidos distrofia normales sea técnicamente desafiante. Para superar este problema analítico, hemos enriquecido la fracción de membrana muscular mediante un paso de centrifugación diferencial mínima seguido del análisis masivo espectrométrico sin etiquetas de preparaciones de membranas microsomales. Este enfoque proteómico de orgánulos identificó con éxito la distrofina y sus socios de unión en los músculos de las extremidades traseras distrofias normales. La introducción de un simple paso de pre-fraccionamiento permitió la comparación proteómica simultánea de la reducción en el complejo distrofina-glicoproteína y cambios secundarios en el modelo de ratón de distrofina en una sola ejecución analítica. El cribado proteómico de la fracción microsomal del músculo de las extremidades traseras distrofias identificó la isoforma de distrofina de longitud completa Dp427 como la proteína más drásticamente reducida en la distrofina, demostrando el notable poder analítico de la proteómica muscular comparativa. Se establecieron patrones de expresión patoproteómica secundaria para 281 proteínas, incluidas proteínas asociadas a la distrofina y componentes involucrados en el metabolismo, señalización, contracción, regulación de iones, plegamiento de proteínas, la matriz extracelular y el citoesqueleto. Los hallazgos clave fueron verificados mediante inmunoblotting. Los niveles aumentados de la Na/K-ATPasa sarcolemmal en los músculos de las piernas distrofias también fueron confirmados por microscopía de inmunofluorescencia. Así, la reducción de la complejidad de la muestra en proteómica centrada en orgánulos puede ser ventajosa para el perfilado de complejos proteicos supramoleculares en sistemas altamente intrincados, como el tejido muscular esquelético.