Las mutaciones genéticas vinculadas a enfermedades como el cáncer pueden ser causadas por la exposición a productos químicos ambientales. El gen PIG-A, ligado al cromosoma X y requerido para la biosíntesis del ancla de glicosilfosfatidilinositol (GPI), es un objetivo clave para los ensayos de toxicidad genética in vitro. Diferentes organismos y líneas celulares pueden responder de manera diferente a los agentes genotóxicos. Aquí, comparamos el potencial mutagénico del etil metano sulfonato (EMS) genotóxico directo con los hidrocarburos aromáticos policíclicos (PAHs) pro-mutagénicos activados metabólicamente. Las dos clases de mutágenos se compararon en una prueba de mutación del gen PIG-A in vitro utilizando la línea celular de hepatoma murino Hepa1c1c7, activa metabólicamente, y la línea celular humana TK6, que tiene una capacidad metabólica limitada. La determinación de la viabilidad celular es necesaria para cuantificar la mutagenicidad. Se evaluaron dos pruebas comunes de viabilidad celular, el ensayo MTT y la tinción con yoduro de propidio (PI) medida por citometría de flujo. El ensayo MTT sobreestimó la viabilidad celular en células adherentes a altas concentraciones de exposición a benzo[a]pireno (B[a]P), por lo que se utilizó la citotoxicidad basada en PI en los cálculos. Las tasas de mutación espontánea para las células TK6 y Hepa1c1c7 fueron de 1.87 y 1.57 por millón de células por ciclo celular, respectivamente. Las células TK6 expuestas a 600 uM y 800 uM de EMS mostraron frecuencias de mutación significativamente más altas (36 y 47 por millón de células por ciclo celular, respectivamente). La exposición al pro-mutágeno benzo[a]pireno (B[a]P, 10 uM) no aumentó la frecuencia de mutación en las células TK6. En las células Hepa1c1c7, las frecuencias de mutación variaron entre los grupos de exposición (50, 50, 29 y 81 por millón de células por ciclo celular cuando se expusieron a 10 uM de B[a]P, 5-metilcolantreno (5-MC), criseno o 16,000 uM de EMS, respectivamente). Demostramos que la elección del ensayo de citotoxicidad y la línea celular pueden determinar el resultado del ensayo de mutagénesis de Pig-A al evaluar un mutágeno específico.