El objetivo era determinar el impacto de la alimentación con MCE en la morfología ruminal e intestinal y la composición de la microbiota de los terneros. Un total de 10 terneros machos y 10 hembras de raza cruzada (leche x carne) (6 días de edad) fueron asignados aleatoriamente a grupos de control (CTL; = 10) o suplementados con MCE (TRT; = 10). El MCE se administró en el sustituto de leche y se añadió al iniciador de terneros durante los períodos de pre-destete (6 a 49 días) y post-destete (50 a 95 días), respectivamente. Los terneros fueron sacrificados a los 95 días para recolectar muestras de rumen e intestino para determinar el perfil de ácidos grasos volátiles (AGV), la morfología de la mucosa y la composición de la microbiota. Los efectos del MCE se analizaron teniendo en cuenta los efectos de sexo y raza. La alimentación con MCE aumentó la longitud de las papilas del rumen ( = 0.010) y la altura de los vellos intestinales: profundidad de las criptas ( < 0.030) en comparación con CTL, pero no afectó el perfil de AGV del rumen. El TRT tuvo un impacto negligible en la composición de la comunidad microbiana tanto en el rumen como en el yeyuno. En conclusión, alimentar con MCE desde el nacimiento hasta el destete puede mejorar el desarrollo de la mucosa ruminal e intestinal de los terneros a pesar de los cambios negligibles en la composición de la microbiota observados después del destete.