Las prácticas agrícolas impactan significativamente las propiedades del suelo y las funciones ecológicas, resaltando la importancia de evaluaciones integrales de la salud del suelo. Tradicionalmente, estas evaluaciones se han centrado en indicadores físicos y químicos, a menudo descuidando las propiedades microbiológicas. Esta revisión explora el potencial de los indicadores microbiológicos en la evaluación de los efectos de las prácticas agrícolas en las funciones ecológicas del suelo, enfatizando su importancia y abordando los desafíos asociados con su aplicación. Un aspecto clave de los indicadores microbiológicos es su alta sensibilidad y rápida respuesta a los cambios ambientales. Estos indicadores pueden agruparse en tres categorías: biomasa y abundancia microbiana, composición y diversidad taxonómica microbiana, y actividad microbiana. Entre estos, la biomasa microbiana de carbono, la respiración basal y las tasas de descomposición se consideran los indicadores más confiables e interpretables. La composición y diversidad taxonómica microbiana siguen siendo limitadas en sus capacidades diagnósticas y predictivas debido a desafíos en la interpretación. La integración de indicadores microbiológicos ofrece una comprensión más holística de las interacciones entre las prácticas agrícolas y la salud del suelo, mejorando nuestra capacidad para monitorear, gestionar y preservar los ecosistemas del suelo. Para facilitar su adopción en la producción agrícola y la gestión de tierras, se necesitan mayores esfuerzos para mejorar la interpretabilidad de estos indicadores y establecer criterios estandarizados para la evaluación de la salud del suelo.