La rápida pérdida de biodiversidad y la reducción y fragmentación asociadas de hábitats significan que las poblaciones ex situ se han convertido en una parte importante de la conservación de especies. Estas poblaciones, que a menudo se establecen a partir de un pequeño número de fundadores, requieren una gestión cuidadosa para evitar los efectos negativos de la deriva genética y la endogamia. Aunque se recomienda la inclusión de datos moleculares, su disponibilidad para la gestión de cría en cautiverio sigue siendo limitada. El objetivo de este estudio fue evaluar la relación entre los niveles de diversidad genética en seis taxones de antílopes de cuerno en espiral criados bajo cuidado humano y sus respectivas estrategias de gestión, estado de conservación, demografía y origen geográfico, utilizando 10 loci de microsatélites de ADN nuclear y secuencias de ADN de la región de control mitocondrial. Nuestros hallazgos incluyen asociaciones entre la diversidad genética y la intensidad de gestión, pero también con la diversidad y contribución de poblaciones silvestres a los fundadores en cautiverio, con algunas poblaciones aparentemente compuestas por animales de linajes silvestres divergentes que elevan la diversidad genética en cautiverio. Cuando los tamaños de población son grandes, las posibles ventajas de maximizar la diversidad genética en poblaciones ampliamente cruzadas pueden necesitar una cuidadosa consideración con respecto a la posible interrupción de la diversidad adaptativa. Los datos genéticos sirven como una herramienta robusta para gestionar poblaciones en cautiverio, sin embargo, su interpretación requiere una comprensión integral de la biología e historia de las especies.