La evaluación sistemática de la aplicación de nitrógeno (N) en la producción de cultivos múltiples y sus impactos ambientales es de gran importancia para el desarrollo sostenible de la agricultura. Los estudios previos se han centrado en la evaluación de cultivos de granos a nivel nacional y provincial, pero han ignorado la escala del condado. Aquí, evaluamos la tasa de N, la eficiencia de uso de N (NUE), el excedente de N y las emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) en la producción de múltiples cultivos, incluidos arroz, trigo, maíz, soja, té, frutas y verduras a nivel de condado en la provincia de Fujian, China. Los resultados mostraron que las tasas de N, los excedentes de N y las emisiones de GEI eran generalmente más altos, y las NUEs eran generalmente más bajas en los condados costeros del sur y sureste de la provincia de Fujian, mientras que los condados en el norte y oeste tenían tendencias de distribución opuestas. La entrada de N y sus impactos ambientales negativos para los cultivos de granos fueron generalmente más bajos que los de los cultivos comerciales. La NUE promedio de todos los cultivos en la provincia de Fujian en 2014 fue del 52.31%. La entrada de N y el excedente de N para las frutas representaron el 43.95% y el 46.69% de los de toda la provincia, respectivamente. El marco de evaluación que propusimos en este estudio se puede aplicar ampliamente en la evaluación sistemática de la entrada de N y sus huellas ambientales a nivel de condado para regiones con producción de cultivos múltiples.