Evaluar la distinción genética y la redundancia es una parte importante de la caracterización del germoplasma vegetal. En la última década, dicha evaluación se ha vuelto más factible e informativa, gracias a los avances en el análisis genómico. Se realizó un intento aquí para buscar germoplasma de bancos de genes con datos genómicos publicados y evaluar su distinción genética y redundancia basada en la disimilitud promedio por pares (APD). El esfuerzo adquirió 12 conjuntos de datos genómicos publicados de los bancos de genes CIMMYT, IPK, USDA-ARS, IRRI e ICRISAT. Las colecciones caracterizadas consistieron en 661 a 55,879 accesiones con hasta 2.4 millones de SNPs a nivel del genoma. La evaluación generó una estimación de APD para cada muestra. Dado que un APD más alto o más bajo es indicativo de mayor distinción genética o redundancia para una accesión, respectivamente, estas estimaciones de APD ayudaron a identificar los grupos más genéticamente distintos y redundantes de 100 accesiones cada uno y un grupo de outliers genéticos con estimaciones de APD mayores a cinco desviaciones estándar en cada conjunto de datos. Un agrupamiento basado en APD del germoplasma conservado en cada conjunto de datos reveló varianzas entre grupos que oscilaban entre el 1.5 y el 53.4% en todos los conjuntos de datos. Análisis adicionales mostraron que estas estimaciones de APD eran más sensibles al número de SNP, la frecuencia de alelos menores y los datos faltantes. Generalmente, se requerían de 5000 a 10,000 SNPs a nivel del genoma para un análisis efectivo de APD. Estos hallazgos en conjunto son alentadores y útiles para la gestión, utilización y conservación del germoplasma, particularmente en la categorización genética del germoplasma conservado.