Los isótopos ambientales y la química del agua distinguen los tipos de agua, los mecanismos de recarga de acuíferos y los caminos de flujo en el Gran Desierto y el acuífero del delta del río Colorado. El acuífero debajo del Gran Desierto sostiene una serie de humedales alimentados por manantiales, conocidos localmente como pozos, que han proporcionado recursos hídricos vitales a diversas flora y fauna, así como a los viajeros que visitaron la zona durante milenios. Los datos de isótopos estables muestran que la recarga local se origina como precipitación invernal, pero no es la principal fuente de agua en los pozos. En cambio, el agua del río Colorado, con una evaporación sustancial, es el componente principal del agua en el acuífero que alimenta los pozos. Antes de la infiltración, el agua del río Colorado se evaporó parcialmente en un entorno de humedal árido. Las aguas subterráneas siguieron caminos de flujo, creados por la falla de Altar, hacia la ubicación actual de los pozos en Bahía Adair. Se observa mezcla con agua de mar en los pozos ubicados cerca de la costa del Golfo de California. Los humedales u otros entornos naturales que permitieron la recarga del acuífero que alimenta los pozos ya no existen. Esto deja a los pozos vulnerables a la extracción masiva de aguas subterráneas y al desarrollo en la zona.