Los cuerpos de agua urbanos con funciones ecológicas importantes están cada vez más amenazados por especies de peces no nativos, particularmente en áreas costeras densamente pobladas y ecológicamente sensibles. La Bahía de Xinglin en Xiamen, China, es un ecosistema lentico salobre con un valor ecológico y paisajístico significativo que ha estado amenazado durante mucho tiempo por especies de peces no nativos. Sin embargo, aún no se ha realizado una evaluación sistemática de su estado de invasión y los riesgos asociados. Este estudio combinó el método tradicional de encuesta morfológica (TSM) con la metabarcodificación de ADN ambiental (eDNA) para evaluar la estructura de la comunidad de peces y el estado de las especies de peces no nativos en la Bahía de Xinglin en agosto de 2024. Además, se evaluaron los riesgos de invasión asociados con las especies no nativas identificadas utilizando el Kit de Evaluación de Invasividad de Especies Acuáticas (AS-ISK). Nuestros hallazgos ayudarán en la prevención y gestión de especies de peces no nativos en la Bahía de Xinglin y promoverán el uso de la tecnología eDNA para el monitoreo de comunidades de peces en ecosistemas lenticos salobres.