Los métodos ágiles han ganado una amplia popularidad recientemente debido a sus características en el desarrollo de software. A pesar del éxito de los métodos ágiles en el proceso de mantenimiento de software, se han reportado varios desafíos. En este estudio, investigamos los desafíos que miden el impacto de los métodos ágiles en el mantenimiento de software en términos de factores de calidad. Se realizó una encuesta para recopilar datos de profesionales ágiles y establecer sus opiniones sobre los desafíos existentes. Como resultado del análisis estadístico de los datos de la encuesta, se ha observado que hay desafíos moderadamente efectivos en manejabilidad, escalabilidad, comunicación, colaboración y transparencia. Se requiere más investigación para validar los desafíos del mantenimiento de software en los métodos ágiles.