Los sitios de investigación ecológica a largo plazo (LTER) necesitan una evaluación periódica del estado de sus ecosistemas y servicios para monitorear tendencias y prevenir cambios irreversibles. El marco de integridad ecológica (EI) abre la puerta para evaluar cualquier ecosistema de manera comparable, midiendo indicadores sobre la estructura y los procesos del ecosistema. Este enfoque también permite medir la sostenibilidad de las acciones de gestión de conservación en el caso de áreas protegidas. La teledetección (RS), proporcionada por sensores satelitales, aéreos o de drones, se convierte en una herramienta muy sinóptica y valiosa para mapear rápidamente áreas aisladas e inaccesibles como los humedales. Sin embargo, se han propuesto pocos indicadores prácticos de RS relacionados con los indicadores de EI para humedales. En este trabajo, sugerimos varios indicadores de RS para humedales que se utilizarán para la evaluación de EI en humedales y especialmente para ser aplicados con vehículos aéreos no tripulados (UAV). También evaluamos la aplicabilidad de imágenes multiespectrales capturadas por UAV sobre dos sitios de investigación socioecológica a largo plazo (LTSER) en humedales para proporcionar un mapeo detallado de los niveles de inundación, la turbidez del agua y la profundidad, así como la cobertura de plantas acuáticas. Seguimos un enfoque empírico para encontrar relaciones lineales entre la reflectancia espectral de los UAV y los indicadores de RS sobre la plataforma LTSER de Doñana en el suroeste de España. La evaluación del método se llevó a cabo utilizando datos de verificación en el terreno recolectados en transectos. Los modelos empíricos resultantes se implementaron para los marismas de Doñana y pueden aplicarse a la plataforma LTSER de Braila en Rumanía. Los mapas resultantes son una entrada muy valiosa para evaluar la diversidad de hábitats, la dinámica de los humedales y la productividad del ecosistema tan frecuentemente como deseen los gestores o científicos. Finalmente, también examinamos la viabilidad de escalar la información obtenida de los datos de verificación en el terreno a imágenes satelitales de Sentinel-2 MSI utilizando segmentos del ortomosaico multiespectral del UAV. Encontramos una estrecha relación multiespectral entre Parrot Sequoia y las bandas de Sentinel-2, lo que hizo posible extender la verificación en el terreno para mapear la inundación en imágenes satelitales.