La remolacha azucarera (L.) es una hierba bienal que pertenece a la familia Amaranthaceae. Contribuye aproximadamente al 30% de la producción total de sacarosa del mundo y es un cultivo de importancia económica. En este estudio, analizamos la diversidad genética y la estructura de la población de 132 variedades exóticas de remolacha azucarera utilizando tres marcadores moleculares: cuatro pares de cebadores de repeticiones de secuencia simple (SSR), tres pares de cebadores de secuencia de inserción-deleción (InDel) y 20 cebadores de polimorfismo de amplificación de elementos cis (CEAP). Los resultados indicaron que el número de alelos (Na) fue de 298, de los cuales el número de alelos efectivos (Ne) fue de 182.426 (lo que representa aproximadamente el 61.2%). El valor medio del índice de diversidad genética fue de 0.836. El contenido de información polimórfica (PIC) fue de 0.639-0.907 (media = 0.819), lo que indica un alto nivel de polimorfismo. Estas variedades de remolacha azucarera se clasificaron en seis grupos utilizando el método UPGMA de análisis de conglomerados. El análisis de la estructura de la población reveló que el valor K más ideal era 6. Esto indicó que los materiales de prueba podían dividirse en seis categorías, consistente con los resultados de agrupamiento. Los resultados de agrupamiento indicaron que la mayoría de las variedades de remolacha azucarera de la misma empresa de cría se agruparon juntas, y la distancia genética entre ellas era pequeña, lo que indica que pueden compartir el mismo padre y/o madre. Algunas variedades de diferentes empresas se agruparon juntas, lo que indica una base genética estrecha y un posible intercambio de recursos de germoplasma entre las empresas de cría. Este estudio reveló las diferencias genéticas entre las variedades exóticas de remolacha azucarera y las características de la estructura de la población. Proporcionó una base científica para la identificación de variedades de remolacha azucarera y la cría asistida por marcadores en China en el futuro.