Las variedades de quinoa (Willd.) se han cultivado ancestralmente en las tierras altas de los Andes en Ecuador, donde han tenido una gran importancia social y nutricional para la población nativa. Actualmente, hay escasa información sobre su diversidad genética y estado de conservación, y ninguna sobre los cambios que pueden haber ocurrido en las últimas décadas. En este estudio, evaluamos la diversidad genética de 268 accesiones (1340 muestras; cinco por accesión) de variedades de quinoa recolectadas en dos momentos diferentes (1978-1988 y 2014-2015) en tres provincias andinas ecuatorianas representativas para este cultivo (Imbabura, Cotopaxi y Chimborazo) utilizando ocho marcadores de repeticiones en secuencia simple (SSR). Se encontraron un total de 124 alelos, con un rango de 11-24 por locus (media = 15.5). Los promedios de heterocigosidad esperada y el índice de información de Shannon fueron 0.763 y 1.821, respectivamente. Los loci más informativos fueron 3_QAAT050 y 7_QAAT100, con valores de poder de discriminación (D) superiores al 92%. Además, se encontraron 1055 genotipos diferentes, de los cuales 939 eran genotipos únicos. Este alto nivel de diversidad genética podría explicarse por el intercambio intensivo de semillas entre los agricultores de la región andina. Además, no se encontraron diferencias significativas en los principales parámetros de diversidad genética entre colecciones y/o provincias. Si no hay una pérdida cuantitativa significativa de diversidad genética en las últimas cuatro décadas, esto indicaría que las comunidades agrícolas indígenas de esta región andina están preservando su germoplasma ancestral de quinoa de manera razonablemente buena. Además, se encontraron dos grupos genéticos con una distancia genética de 0.337. Las muestras en estos grupos parecen estar relacionadas con su origen provincial. Esto puede deberse a las diferentes formas en que se manejan y conservan las variedades de quinoa en las diferentes provincias andinas. Los resultados obtenidos pueden ser muy útiles para el manejo y conservación adecuados de este recurso genético vegetal ancestral, tanto en la finca por comunidades agrícolas indígenas como ex situ por el Banco de Germoplasma del Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias de Ecuador (INIAP).