El salangido (Salangidae) es un pez económico de importancia comercial endémico de China y restringido a grandes sistemas de agua dulce con una distribución amplia. Esta especie de pez tiene rangos de distribución continua y una larga historia de acuicultura introducida en las cuencas chinas. Sin embargo, la investigación sobre su diferenciación genética poblacional dentro y entre cuencas es muy limitada. En este sentido, se muestrearon 197 individuos de 11 poblaciones en la cuenca del río Nenjiang (A1-A4), cuenca del río Songhua (B1), cuenca del río Amarillo (C1-C2), cuenca del río Yangtsé (D1), cuenca del río Lanchang (E1-E2) y cuenca del río Huaihe (F1). Basado en la secuencia de COI, se investigó la diferencia genética de la población dentro y entre las cuencas fluviales. Los haplotipos y sus distribuciones de frecuencia estaban fuertemente sesgados, con la mayoría de los haplotipos ( = 13) representados solo en muestras individuales y, por lo tanto, restringidos a una sola población. El haplotipo más común (H4, 67/197) se encontró en todos los individuos. El análisis de varianza molecular (AMOVA) reveló un patrón aleatorio en la distribución de la diversidad genética, lo cual es inconsistente con la estructura hidrológica contemporánea. La discrepancia entre la distribución y las pruebas de neutralidad apoyó la evidencia de una expansión poblacional, que ocurrió durante el Pleistoceno tardío (hace 0.041-0.051 millones de años). Se detectaron niveles significativos de subdivisión genética entre poblaciones dentro de las cuencas en lugar de entre las seis cuencas. La dinámica de la historia poblacional mostró que experimentó una expansión durante el período glacial en el Pleistoceno tardío. Por lo tanto, diferentes poblaciones deben considerarse como diferentes unidades de manejo para lograr propósitos efectivos de conservación y gestión. Estos resultados tienen una gran importancia para la evaluación y explotación de los recursos de germoplasma.