El monogeneo diplectanid (Wagener, 1857) es un parásito específico y común de las branquias de la dorada (Linnaeus, 1758) en el mar Mediterráneo. Se han realizado pocos estudios moleculares aislados sobre este monogeneo, y su estructura poblacional y diversidad genética son poco comprendidas. Este estudio representa el primer análisis de la genética poblacional de , aislado de doradas salvajes y criadas en jaulas de quince localidades en las regiones del sur (Túnez) y del norte (Italia y España) del mar Mediterráneo, utilizando marcadores nucleares de rDNA ITS y un fragmento parcial del gen mitocondrial citocromo oxidasa subunidad I (COI). Los árboles filogenéticos basados en el conjunto de datos recién obtenido y las secuencias publicadas previamente corroboraron la propagación de una sola especie a lo largo del mar Mediterráneo. La red de haplotipos en forma de estrella, inferida por las secuencias de COI, sugirió una reciente expansión poblacional de . Esto se apoya en la alta diversidad de haplotipos observada (Hd = 0.918) y la baja diversidad de nucleótidos (Pi = 0.01595). El AMOVA basado en la estructura poblacional para dos grupos (el mar Adriático y el resto del mar Mediterráneo) atribuyó el 35.39% de la variación total a diferencias dentro de las poblaciones, el 16.63% a diferencias entre poblaciones dentro de los grupos, y el 47.99% a diferencias entre grupos. Los índices de fijación fueron significativos, con un alto valor de FST (0.64612), probablemente relacionado con la divergencia de las poblaciones de parásitos del mar Adriático y otras regiones mediterráneas. Los análisis filogenéticos agruparon todas las muestras en el clado principal correspondiente a de varias localidades. Este estudio proporciona información sobre la variación genética entre poblaciones y no mostró una clara estructura genética entre las poblaciones de a lo largo de las localidades tunecinas, italianas y españolas, lo que puede atribuirse al considerable flujo genético entre las poblaciones favorecido por el potencial de dispersión del hospedador dentro del mar Mediterráneo. Finalmente, los haplotipos compartidos entre hospedadores salvajes y criados en jaulas proporcionaron evidencia del potencial de infección cruzada entre hospedadores salvajes y de cultivo en el mar Mediterráneo.