Este trabajo tiene como objetivo caracterizar la diversidad genética de especies, híbridos tempranos y cultivares utilizando marcadores de repeticiones en tándem de microsatélites (SSR), así como analizar e identificar el origen de los híbridos tempranos de spp. Para esta investigación, se recolectaron muestras de diferentes tipos de especies de lirios de día, híbridos tempranos (conocidos o hipotéticamente híbridos de primera generación de especies), variedades extranjeras y lituanas. Se realizó una evaluación inicial de los cebadores SSR desarrollados y se evaluó su idoneidad para probar otras especies y híbridos de lirios de día. La diversidad genética se evaluó con el conjunto de ocho cebadores seleccionados y se crearon perfiles moleculares de SSR. El cebador SAU00097 es el más informativo según la heterocigosidad (0.95) y el contenido de información de polimorfismo (0.17). La mayor heterocigosidad se observó en los cultivares lituanos (0.713), la más baja en las especies (0.583). Las relaciones genéticas entre especies muestran que solo los lirios de día fulvos se separan en un clúster diferente. La mayor variación entre genotipos se observó en el grupo de especies (18%), mientras que los cultivares modernos tuvieron la menor variación entre genotipos (1%). El origen putativo de los híbridos tempranos se analizó utilizando un mapa de calor de probabilidad de todos los genotipos. Los resultados muestran qué especies podrían utilizarse en la cría de híbridos tempranos. Varios cultivares modernos diploides y tetraploides de lirios de día tienen especies triploides como ancestros.