Los arrecifes de coral, como ecosistemas biológicamente diversos, tienen un valor ecológico y económico significativo. Con las amenazas crecientes que se les imponen, es cada vez más importante monitorear la salud de los arrecifes desarrollando métodos accesibles para cuantificar la cobertura de coral. La discriminación entre tipos de sustrato se ha logrado anteriormente con espectroscopía in situ, pero no se ha probado utilizando drones. En este estudio, probamos la capacidad de utilizar espectroscopía de drones basada en puntos para determinar la cobertura de sustrato a través de la mezcla espectral en una porción del Arrecife Heron, Australia. Se realizó un análisis de mezcla espectral para separar los componentes que contribuyen a las firmas espectrales obtenidas a lo largo del arrecife. Los espectros puros utilizados para desmezclar los datos medidos incluyen coral vivo, algas, arena y roca, obtenidos de una biblioteca espectral pública. Estos pudieron representar más del 82% de la mezcla espectral capturada en cada medición de espectroscopía, destacando los beneficios de utilizar una base de datos pública. Los resultados de la desmezcla se compararon luego con una clasificación categórica en una imagen de drone en mosaico superpuesta, pero arrojaron resultados inconclusos debido a los desafíos en la co-registro. Este estudio muestra de manera única el potencial de utilizar drones de grado comercial y espectroscopía puntual en la cartografía de entornos complejos. Esto puede allanar el camino para futuras investigaciones, al aumentar el acceso a tecnología repetible, efectiva y asequible.