El uso de aguas residuales recicladas para regar cultivos es una opción valiosa debido a la escasez de agua. Sin embargo, la presencia de residuos de antibióticos que no se eliminan en los tratamientos terciarios llega a los suelos de los cultivos al ser regados y plantea una seria preocupación para la salud humana. El rizosfera de los cultivos se considera un punto caliente de genes resistentes a los antibióticos (ARG), siendo además un vínculo con la filosfera de las plantas y el microbioma humano. Comprender la estructura de la microbiota del suelo es crucial antes de aplicar cualquier estrategia de biorremediación o biostimulación. El objetivo de este trabajo fue, en primer lugar, confirmar la presencia de residuos de antibióticos en el suelo y frutas en dos invernaderos en el sur de España regados con agua reciclada. En segundo lugar, caracterizar el microbioma de la rizosfera de tres cultivos (, y ) cultivados en esos invernaderos. Finalmente, se realizó un análisis funcional predictivo utilizando PICRUSt2 para comprender el resistoma de la rizosfera. Se confirmó la presencia de residuos de antibióticos tanto en el suelo como en las frutas. Los antibióticos absorbidos por las plantas se correlacionaron con los del suelo. El gen de resistencia más abundante fue el multidroga en los tres cultivos analizados. La compatibilidad de los hongos basidiomicetos (es decir, Pleurotus) con las bacterias del suelo podría ser indicativa de su posible uso para la restauración de suelos agrícolas contaminados con antibióticos.