La enteritis necrótica aviar es una enfermedad entérica de los pollos de engorde causada por ciertas cepas patógenas en combinación con factores predisponentes. Una vacuna que ofrezca protección completa contra la enfermedad aún no se ha comercializado. En un estudio previo, producimos cinco proteínas recombinantes que se predijeron como expuestas en la superficie y únicas para la enteritis necrótica, y se evaluó la inmunogenicidad de estos posibles candidatos a vacuna en pollos de engorde. En el trabajo actual, se evaluó la contribución relativa de los anticuerpos generados por estos antígenos putativos para proteger a los pollos de engorde utilizando un modelo experimental de inducción de enteritis necrótica. Además, se estudió la relación entre la respuesta inmune provocada y los perfiles de microbiota intestinal en aves inmunizadas sometidas a infección con cepas virulentas. Los resultados de ELISA mostraron que los títulos de anticuerpos IgY en aves vacunadas en los días 21 y 33 fueron significativamente más altos que los de los días 7 y 14 y que los de las aves que recibieron solo el adyuvante, mientras que la contribución relativa de la inmunidad específica atribuida a estos anticuerpos no pudo ser determinada con precisión utilizando este modelo experimental de inducción de enteritis necrótica. Además, la secuenciación del gen 16S rRNA mostró que la inmunización de las aves con proteínas recombinantes tuvo un bajo impacto en la microbiota cecal de los pollos.