Las anomalías de anegamiento han aumentado recientemente, lo que ha provocado una reducción en el rendimiento y la pérdida de miles de millones de dólares. La selección de plantas con mayor tolerancia a factores de estrés requiere parámetros con alta sensibilidad, así como mediciones rápidas y económicas. El objetivo de este estudio fue seleccionar accesiones de tomate y pepino que muestren sensibilidad y tolerancia al estrés por anegamiento en una etapa vegetativa temprana. La selección de criterios efectivos para evaluar las plantas también fue un tema importante. Un total de 19 accesiones de pepino (incluidas cuatro altamente homocigotas) y 16 accesiones de tomate fueron evaluadas, y se examinaron plantas con tres hojas verdaderas. La zona de raíces de las plantas estresadas se anegó durante 7 días en un recipiente profundo. Las características morfológicas y fisiológicas se obtuvieron después de 7 días de tratamiento y se utilizaron para el análisis de conglomerados para discriminar entre accesiones tolerantes y sensibles. Se observaron disminuciones significativas en los parámetros Fv/F, Fv/Fm, Área, PI ABS, ET/ABS y ET/TR, así como aumentos en DI/RC, en accesiones sensibles, sin cambios en plantas tolerantes. Los parámetros del test OJIP (Fv/F, PI ABS, DI/RC y Área) fueron más sensibles en la selección para el estrés por anegamiento que Fv/Fm. La presente investigación puede ser utilizada en programas de mejoramiento genético. Las accesiones seleccionadas apoyarán una explicación detallada de las diferencias fisiológicas en la respuesta al estrés por anegamiento en plantas de tomate y pepino.