Debido al amplio uso de patrones de cultivo intensivo, el problema del obstáculo del cultivo continuo, dominado por la autotoxicidad, se ha vuelto cada vez más prominente. Aunque se han propuesto muchos métodos para superar el obstáculo del cultivo continuo del pepino, ningún estudio ha informado sobre la selección y evaluación de germoplasma de pepino resistente a la autotoxicidad. En este estudio, se determinaron 28 índices fisiológicos relacionados con la etapa de brotación del pepino bajo tratamiento con ácido cinámico (CA). En total, 45 cultivares de pepino se clasificaron en tres grupos utilizando análisis de componentes principales y análisis de conglomerados, y se desarrolló un modelo para evaluar la resistencia del pepino a la autotoxicidad. El modelo de evaluación se validó utilizando cultivares tolerantes y no tolerantes a la autotoxicidad. Los resultados mostraron que el crecimiento de los cultivares no tolerantes a la autotoxicidad fue significativamente inhibido en comparación con los cultivares tolerantes a la autotoxicidad. Esto indicó que el modelo de evaluación de la tolerancia a la autotoxicidad del pepino es confiable. Los resultados de este estudio proporcionan una referencia valiosa para la aplicación de recursos de germoplasma de pepino tolerantes a la autotoxicidad y el desarrollo de genes tolerantes a la autotoxicidad.