Los recursos hídricos, energéticos y alimentarios son recursos fundamentales para el desarrollo regional de alta calidad. En el proceso de rápido crecimiento económico regional, la integración de la utilización de estos recursos fundamentales se ha convertido en un desafío crítico para lograr un desarrollo de alta calidad en el Valle del río Ili. Para explorar el estado de desarrollo coordinado del agua, la energía y los alimentos (A-E-F) en el Valle del río Ili, construimos un sistema de indicadores de evaluación integral para el sistema A-E-F regional, y calculamos y analizamos el nivel de desarrollo integral, el grado de coordinación del acoplamiento y el equilibrio espacial del sistema A-E-F desde 2008 hasta 2020. Los resultados indican que los indicadores de evaluación integral del sistema A-E-F en el Valle del río Ili mostraron una tendencia general al alza, lo que indica que el sistema se está moviendo en una dirección positiva. Entre ellos, el indicador de evaluación integral del subsistema del agua mostró una tendencia al alza pero fluctuó significativamente durante el período de estudio, siendo la proporción excesiva de consumo de agua agrícola un factor clave que afecta su desarrollo. Además, el indicador de evaluación integral del subsistema de energía mostró una ligera tendencia a la baja, lo que indica limitaciones en el desarrollo de los subsistemas de energía. La contaminación superficial agrícola y la contaminación de desechos industriales son los principales factores que limitan su desarrollo. Mientras tanto, debido a la atención significativa de los gobiernos de todos los niveles, el subsistema alimentario se ha desarrollado rápidamente, con su indicador de evaluación integral mostrando una tendencia significativa al alza, lo que muestra que la región está promoviendo activamente iniciativas para mejorar la capacidad de producción de alimentos. Además, el grado de acoplamiento del sistema A-E-F se mantuvo en un estado de acoplamiento coordinado, con un valor promedio entre 0.7 y 1.0, lo que indica un alto nivel de desarrollo general, y que el desarrollo de cada recurso afecta y limita el de los otros dos. El grado de coordinación del acoplamiento transitó por fases de coordinación cercana, coordinación primaria, buena coordinación y coordinación moderada, y todos los condados y ciudades mostraron una tendencia a evolucionar hacia un alto acoplamiento, lo que indica un potencial significativo para el desarrollo adicional del acoplamiento y la coordinación del sistema A-E-F regional. Entre los subsistemas, el subsistema alimentario exhibió el mayor equilibrio espacial (0.78) y las disparidades espaciales más pequeñas, mientras que el subsistema de energía demostró el equilibrio espacial más bajo (0.40) y las mayores disparidades espaciales. Todavía existen problemas significativos con la utilización y el equilibrio de la asignación de recursos regionales, lo que requiere una planificación integrada para el desarrollo coordinado del sistema A-E-F para lograr una gestión sostenible de los recursos y un desarrollo ecológico y económico de alta calidad.