La triquinosis es una enfermedad zoonótica transmitida por alimentos que representa 41 casos humanos, según el Informe de Zoonosis de Una Salud de la Unión Europea. En el sur de España, se aplicó un sistema de gestión de calidad (SGC) a laboratorios satélites (LS) que realizan inspecciones de carne de spp. asegurando prácticas de excelencia. Este estudio tuvo como objetivo determinar cómo las eventuales desviaciones de los procedimientos estándar pueden influir en los niveles de riesgo utilizando el Análisis Discriminante Canónico (ADC). Los datos se recopilaron durante las auditorías oficiales de mataderos y establecimientos de manejo de caza en 18 LS ubicados en las provincias de Córdoba y Sevilla durante un período de 6 años. Las desviaciones de los requisitos técnicos en relación con la técnica y la información de ensayo, como realizar pruebas o cálculos incorrectamente o no seguir los procedimientos técnicos, aumentaron significativamente las diferencias en los niveles de riesgo. Se detectaron niveles de riesgo inminentes si surgían las desviaciones mencionadas anteriormente. Las desviaciones que comprometen la garantía de calidad fueron responsables de diferencias en los niveles de riesgo de 1150 veces, lo que sugiere que encontrar tales desviaciones puede ser crítico para la determinación del riesgo. Se encontró una falta de influencia significativa de las desviaciones que comprometen registros y documentos (formularios incompletos o datos erróneos o ilegibles). Estos resultados refuerzan las estrategias de control de spp. al señalar aspectos cruciales dentro del SGC que requieren mejora, particularmente en el abordaje de desviaciones relacionadas con la técnica, la información de ensayo y los procedimientos de garantía de calidad para mitigar efectivamente los riesgos asociados.