Este estudio integral investiga la distribución espacial de metales en el agua superficial, su acumulación en los tejidos de los peces y su impacto en la dinámica del microbioma intestinal de los peces en el río Qi, ciudad de Huanggang, provincia de Hubei. Se establecieron tres regiones de muestreo distintas: el área de minería (A), el área de transición (B) y el área lejana (C). Nuestros resultados revelaron que las concentraciones de metales eran más altas en el área de minería y disminuían a medida que aumentaba la distancia desde ella. La bioacumulación de metales en los tejidos de los peces siguió el orden de intestino > cerebro > músculo, con algunas concentraciones que superaban los estándares de seguridad alimentaria. El análisis del microbiota intestinal mostró que y dominaban en el área de minería, mientras que eran más prevalentes en el área lejana. La contaminación por metales pesados alteró significativamente la composición y la estructura de red del microbiota intestinal, reduciendo las asociaciones microbianas y aumentando las correlaciones negativas. Estos hallazgos destacan el profundo impacto de la contaminación por metales pesados en la salud de los peces y la estabilidad de su microbiota intestinal, subrayando la urgente necesidad de medidas efectivas de control de la contaminación para mitigar los riesgos ecológicos y proteger la biodiversidad acuática. La investigación futura debería centrarse en el monitoreo a largo plazo y en explorar posibles estrategias de remediación para restaurar la salud de los ecosistemas afectados.