El rendimiento de grano del arroz consiste en la capacidad de sumidero y el llenado de grano. Hay algunos genes conocidos que contribuyen a la capacidad de sumidero, pero se conocen pocos genes asociados con el llenado de grano. Realizamos un análisis genético sobre rasgos relacionados con el rendimiento utilizando una población de líneas de sustitución de segmentos cromosómicos que tienen introgressión de DV85, una variedad de arroz, en el fondo de T65, otra variedad. Se obtuvieron genotipos de genoma completo refinados de las 43 TD-CSSLs mediante genotipificación por secuenciación. Los efectos de los loci de rasgos cuantitativos (QTLs) detectados previamente fueron confirmados por la cantidad de carbohidratos no estructurales (NSC) a los 5 días después de la espigación (DAH). La CSSL para el QTL de disminución del peso del brote durante la etapa de madurez mostró el mayor NSC a los 5 DAH y el más bajo a los 35 DAH. El rendimiento de arroz integral de estas líneas no fue significativamente estable. La mayoría de los rasgos relacionados con el sumidero se correlacionaron entre los 2 años probados, pero la mayoría de los rasgos de llenado de grano no mostraron correlación entre los 2 años. El análisis de correlación reveló que la capacidad de sumidero es estable y determina principalmente el rendimiento, y el llenado de grano está más afectado por el medio ambiente. Además, la producción de biomasa antes de la espigación y durante la etapa de madurez contribuye a un mayor rendimiento en TD-CSSLs, y la cantidad de translocación de reservas del tallo no afecta mucho al rendimiento. Concluimos que un mayor NSC en la etapa de espigación y una rápida disminución de la biomasa del brote durante la etapa de madurez no contribuyeron directamente a la formación del rendimiento en el fondo genético.