Considerando las actuales condiciones climáticas y demográficas globales, junto con la creciente demanda de diversificación alimentaria, se hace evidente la necesidad de alimentos funcionales innovadores que se adhieran a los principios de la economía circular. Por lo tanto, esta investigación tiene como objetivo identificar un sistema de cultivo adecuado y un sustrato de crecimiento para mantener una alta tasa de germinación y producir microplantas aromáticas de albahaca con características de calidad superiores que sean completamente comestibles, junto con el sustrato. Las microplantas se cultivaron en sistemas asépticos (AS) y no asépticos (NAS). Tanto los experimentos AS como NAS se llevaron a cabo in vitro utilizando tecnología de producción eco-innovadora. Además, se probaron varios sustratos de crecimiento, como perlita, agar, cáscara de plátano, turba y sus combinaciones. Los análisis se centraron en la capacidad de germinación, mediciones morfométricas y análisis bioquímicos de las microplantas. Los resultados mostraron que el sustrato comestible a base de agar, utilizado tanto en AS como en NAS, aumentó la capacidad de germinación hasta un 95.00 +/- 0.30%, mientras que la turba proporcionó una capacidad de germinación de solo 12.07 +/- 1.27% en condiciones AS y 6.07 +/- 0.35% en condiciones NAS. La mayoría de los análisis bioquímicos indicaron que las condiciones AS son más adecuadas para la producción de microplantas de albahaca, aumentando el contenido de materia seca, el contenido total de fenoles, el contenido total de flavonoides y la capacidad antioxidante total en comparación con las condiciones NAS. Estos hallazgos apoyan la adopción de una nueva tecnología eco-innovadora que proporciona microplantas de albahaca orgánica, que son completamente utilizables junto con el sustrato de agar comestible.