La enfermedad del pie negro es devastadora para la producción de wasabi, ocurriendo en cualquier momento y en todas partes dentro del área principal de producción de la provincia de Sichuan, China. Ha habido muy pocos estudios sobre el control químico de esta enfermedad. En este estudio, aislamos e identificamos una cepa local popular del patógeno. La cepa de hongo aislada causó manchas típicas de la enfermedad en las hojas y rizomas al ser inoculada de nuevo en plántulas de wasabi. Los síntomas de la enfermedad del pie negro se desarrollaron muy rápidamente, volviéndose visibles al segundo día después de la exposición y llevando a la muerte en una semana. Luego evaluamos la eficacia de diez fungicidas de uso común para seleccionar los fungicidas efectivos. La eficacia de los fungicidas probados se determinó a través de la inhibición del crecimiento micelial en placas de medio. Como resultado, el tebuconazol y el piraclostrobina pudieron inhibir el crecimiento micelial del patógeno, y el dimetomorf, el más utilizado en las áreas de producción locales, produjo la menor actividad de inhibición (13.8%). Sin embargo, la mayor eficacia de control del tebuconazol y el piraclostrobina en plántulas de wasabi fue solo del 47.48% y 39.03%, respectivamente. En general, la eficacia de control de la aplicación del fungicida antes de la inoculación fue mejor que la de después de la inoculación. Un aumento en la concentración de aplicación de los dos fungicidas no resultó proporcionalmente en un mejor rendimiento. Clonamos la secuencia completa de la esteroil 14-desmetilasa y del citocromo B, cuyas mutaciones pueden contribuir a la posible resistencia antifúngica. Estos dos genes del hongo aislado no poseen ninguna mutación reportada que conduzca a la resistencia a los fungicidas. Estudios previos indican que hay una diferencia significativa entre los fungicidas en términos de la efectividad para controlar la enfermedad del pie negro; sin embargo, la eficacia de control de los fungicidas es limitada en el control del pie negro. Por lo tanto, la gestión en campo para prevenir infecciones por heridas y las condiciones ambientales desfavorables son más importantes que la gestión de pesticidas.